地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。　　纽约普通警察爱德华兹（威尔·史密斯 饰）因缘际会之下加入了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字、没有身份，成为特警K（汤姆·李·琼斯 饰）的搭档。　　J应对的 第一起事件就是虫族的入侵。亚基伦王子罗斯伯在地球被虫族杀害，而他随身携带的“银河系”——宇宙次原子能源的最好来源也失踪了，若虫族找到，将给亚基伦人带来毁灭性的打击；亚基伦人发出最后通牒，如果地球人不能在一个小时之内交出“银河系”，他们就摧毁地球。　　为了地球的安全，K和J不得不挺身而出。

约翰的父亲弗兰克(丹尼斯?奎德 Dennis Quaid 饰)死于30年前一次救火行动中。一次，翻看父亲的遗物时，约翰(詹姆斯?卡维泽 James Caviezel 饰)发现了30年前父亲使用过的一台老式无线电。在随手翻拨频段的时候，他竟然和一名年轻叫弗兰克的男子搭上了线。经过整夜长谈，约翰确定时空发生了错乱，这个弗兰克正是自己30年前的父亲。 　　约翰兴奋异常，顺利帮助父亲躲过了30年前的那场灾难。当他一觉醒来，惊讶地发现了相框中白发苍苍的父亲，他知道自己成功了。然而让人意想不到的是，历史一切都改写。约翰的拯救了父亲，而他的母亲却死于了多年前的一起连环杀人案。当约翰通过无线电再次联系30年前的父亲，意图让父亲阻止母亲被杀时，父亲却又意外成了嫌疑犯！

尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择……

许多年以来，美国的内华达大沙漠一直是个 "神秘" 的地方，各种各样奇怪的现象层出不穷。有人说，这是因为外星人的飞船曾在巫山（Witch Mountain）降落。　　杰克（道恩·强森 Dwayne Johnson 饰）是一个拉斯维加斯的普通出租车司机，有一天他在车上发现了一对神秘的兄妹俩。从伸出援手的那一刻开始，他就卷入了一场令人惊心动魄的冒险旅程。原来，这对拥有异能的兄妹来自外星，且还隐藏了不为人知，却足以使整个宇宙毁灭的秘密。兄妹两人必须在现有的时间内找到失踪的太空船，返回外星。这趟旅程是场生与死的追逐，他们必须躲过来自各方的追杀，包括黑道，美国政府以及外星人。时间正式倒数，宇宙毁灭在即。一个攸关全宇宙及人类生死的冒险正在进行……

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

Eternal life technology (transferring mind to new body) is developed by 2 companies. Resistance to the merger of the 2 companies is met with kidnapping and murder.